El objetivo de la Comisión, planteado en su Acta Constitutiva, fue “… trabajar en nuestro país, como organismo no gubernamental, en forma pluralista, libre y autónoma, por la vigencia efectiva, respeto, protección y promoción de los derechos económicos, sociales, culturales, civiles y políticos consagrados en la carta internacional de derechos humanos, en los tratados, resoluciones y acuerdos complementarios de Naciones Unidas y demás organismos internacionales de los cuales Chile es miembro.”
A partir de 1990, la Comisión Chilena de Derechos Humanos debió acomodar sus actividades al nuevo contexto. Esta reestructuración fue necesaria no sólo porque ya no se vivía bajo una dictadura militar, sino porque con el retorno a la democracia la ayuda internacional fue decayendo, y porque muchos de los funcionarios y colaboradores debieron salir en busca de trabajo.
Bajo esas circunstancias, la Comisión Chilena de Derechos Humanos centró sus actividades en torno a los temas de Educación y Difusión –a través de publicaciones y de actividades de promoción- y reforzó los programas enfocados a la defensa y difusión de los derechos humanos de los grupos más vulnerados de nuestro país: las mujeres, los niños, los trabajadores, los indígenas, entre otros.