La organización fue fundada por un grupo de madres como Antonia Cabrera (Toñita), madre de un desaparecido. Durante el conflicto armado en El Salvador, esta organización trabajó esclareciendo casos de secuestros, desapariciones y asesinatos de políticos y de-más personas civiles. Nació en el seno de las Comunidades Eclesiales de Base (Cebes) y según su fundadora comenzó a trabajar a mediados de los años setenta. Comafac fue el tercer comité de madres y familiares que se conformó en 1985 en El Salvador durante el conflicto.